El programa de Magíster se construye académicamente alrededor de tres líneas bases: el pensamiento y las ideas, el modelo de Estado y el impacto de este modelo sobre el territorio: es decir, las ideas que permiten construir el Estado y como este modifica el territorio. El programa toca entonces la globalidad de las Ciencias Humanas a través del prisma del pensamiento histórico. El enfoque de la tesis final está puesto en el estudio regional desde las tres líneas ya mencionadas y con un sentido integrador entre ellas(http://www.ulagos.cl/contenido08.php?id=5).
Es además una especialización acreditada, que consta de muy buenos profesores, algunos hacen clases en la universidad de los Lagos en pregrado, mientras que otros son profesionales invitados de otras universidades, como es el caso del actual premio nacional de Historia., profesores extranjeros y chilenos de reconocida trayectoria.
Magíster en Ciencias Humanas mención Historia